（一）管理制度與內(nèi)控手冊(cè)關(guān)系不夠明晰
內(nèi)部控制是通過(guò)制度、流程和表單體現(xiàn)出來(lái)的。因此，我們?cè)趦?nèi)控建設(shè)中，包括日常管理中要有“管理制度化、制度流程化、流程表單化，手冊(cè)系統(tǒng)化”的邏輯，單位在日常管理中都會(huì)有一套制度，考核也好、管理也好，也會(huì)有表單和流程，甚至?xí)纬晒ぷ魇謨?cè)。但如果從內(nèi)控的角度出發(fā)，是否系統(tǒng)化，是否立足管理現(xiàn)狀，全面梳理各項(xiàng)管理制度和管理體系，從管理體制、機(jī)制以及落實(shí)各級(jí)權(quán)利責(zé)任、風(fēng)險(xiǎn)分析等方面，將內(nèi)部控制的要求融入各項(xiàng)管理體系中，形成內(nèi)部控制的長(zhǎng)效機(jī)制，使內(nèi)部控制真正為經(jīng)營(yíng)管理服務(wù)，即融入管理制度、流程和表單中去。內(nèi)部控制建設(shè)不是另起爐灶，而是對(duì)原有的管理體系進(jìn)行優(yōu)化并使之滿足內(nèi)部控制規(guī)范的要求。因此，內(nèi)部控制手冊(cè)與內(nèi)部控制建設(shè)之間沒(méi)有必然的聯(lián)系。
（二）內(nèi)控建設(shè)流于形式，沒(méi)有實(shí)現(xiàn)流程再造
內(nèi)控建設(shè)就要將風(fēng)險(xiǎn)、制度、流程結(jié)合起來(lái)，將內(nèi)部控制方法嵌入流程設(shè)計(jì)過(guò)程，形成制度管人，流程管事的局面。在實(shí)踐過(guò)程中，大多數(shù)單位只關(guān)心財(cái)務(wù)內(nèi)控，往往忽略業(yè)務(wù)和業(yè)務(wù)流程，在資產(chǎn)管理、收入支出、合同管理等六大經(jīng)濟(jì)業(yè)務(wù)中，只關(guān)心付款的控制，而不注重其他環(huán)節(jié)的控制，不注意崗位的牽制、不相容崗位以及歸口管理，使流程再造不能深入到各個(gè)環(huán)節(jié)，不能貫穿于各個(gè)業(yè)務(wù)活動(dòng)領(lǐng)域，成為財(cái)務(wù)部門(mén)閉門(mén)造車(chē)，導(dǎo)致內(nèi)控成為形式和空話，內(nèi)控組織體系成為虛設(shè)，導(dǎo)致有內(nèi)控?zé)o執(zhí)行的尷尬局面。
（三）內(nèi)控手冊(cè)僅是制度梳理，缺乏具體工作流程和流程圖
單位的業(yè)務(wù)流程一般分為兩類，一是管控類，比如收支業(yè)務(wù)的審批，決策、審批、授權(quán)、簽字等，很多單位認(rèn)為單位的審批簽字業(yè)務(wù)即是業(yè)務(wù)流程與流程圖；二是業(yè)務(wù)類活動(dòng)，專項(xiàng)業(yè)務(wù)需要根據(jù)內(nèi)控的需求，按照決策、執(zhí)行和監(jiān)督相對(duì)分離、相互制約的原則，采取不相容崗位相互分離、歸口管理等內(nèi)控措施，對(duì)業(yè)務(wù)工作進(jìn)行梳理，明確風(fēng)險(xiǎn)，設(shè)計(jì)關(guān)鍵節(jié)點(diǎn)，結(jié)合職責(zé)分工，授權(quán)管理等方面，建立相關(guān)流程和流程圖。
雖然各個(gè)行政事業(yè)單位業(yè)務(wù)活動(dòng)千差萬(wàn)別，但從同行業(yè)而言，比如教育、衛(wèi)生、司法等等部門(mén)會(huì)有很多相同的業(yè)務(wù)，作為行業(yè)的主管部門(mén)，上至國(guó)家及省市層面，可以以行業(yè)為單位，每個(gè)行業(yè)推廣成功的案例，供行業(yè)部門(mén)單位參考。
